Akademik kariyerine aynı üniversitede devam eden Akpınar, 1988 yılında Sosyal Bilimler Enstitüsü Tefsir Anabilim Dalı’nda yüksek lisansını, 1993 yılında ise doktorasını tamamladı. Yüksek lisans tezini “Kur’ân’ın Tefsirine Olan İhtiyaç”, doktora çalışmasını ise “Said b. Cübeyr ve Tefsîr İlmindeki Yeri” başlığıyla hazırladı.
Meslek hayatının ilk yıllarında Diyanet İşleri Başkanlığı ve Milli Eğitim Bakanlığı bünyesinde görev alan Akpınar, 1989-1993 yılları arasında Avusturya’da bulundu. 1995 yılında İnönü Üniversitesi Darende İlahiyat Fakültesi Temel İslam Bilimleri Bölümü Tefsir Anabilim Dalı’nda öğretim üyesi olarak akademik görevine başladı.
1996 yılında Cumhuriyet Üniversitesi İlahiyat Fakültesi’ne geçen Akpınar, burada çeşitli idari görevlerde bulundu. 1997-2003 yılları arasında dekan yardımcılığı, 2005-2008 yılları arasında ise Temel İslam Bilimleri Bölüm Başkanlığı yaptı. 1999 yılında doçent, 2005 yılında profesör unvanını aldı.
2009 yılında Selçuk Üniversitesi İlahiyat Fakültesi’ne geçen Prof. Dr. Akpınar, 2011-2014 yılları arasında Gaziantep Üniversitesi İlahiyat Fakültesi’nin kurucu dekanı olarak görev yaptı. 2014-2018 yılları arasında Konya İl Müftüsü olarak hizmet veren Akpınar, halen Necmettin Erbakan Üniversitesi İlahiyat Fakültesi’nde öğretim üyesi olarak akademik çalışmalarını sürdürmektedir.
Akademik çalışmalarında Kur’an’ın anlaşılması ve yorumu, toplumun Kur’ân algısı, Kur’an tercüme yöntemleri ve kültür dünyamızdaki Kur’an motifleri gibi alanlara yoğunlaşan Prof. Dr. Ali Akpınar’ın, ulusal ve uluslararası düzeyde yayımlanmış 60’ın üzerinde makalesi ve 25 kitabı bulunmaktadır.