İlk Yerleşimler ve Hitit Dönemi
Alişar Höyüğü'nde yapılan kazılarda 5000 yıl öncesine ait eserler bulundu. Merkeze bağlı Büyüknefes, Dambasan ve Gündoğdu Köyleri ile Sorgun ilçesi sınırları içindeki Kerkenes Kalesi, Boğazlıyan'a bağlı Çalapverdi bölgelerinde Hititlerin izine rastlanıyor.
Anadolu'da tarih devrinin başlangıcını sağlayan Hititler MÖ 2000-1500 yılları arasında bölgede hüküm sürdü. Merkezi Yozgat sınırları içindeki Hattuşaş olan Hitit İmparatorluğu döneminde bölge en kalabalık yerleşim merkezlerinden biriydi.
Antik Dönem Medeniyetleri
Hitit hakimiyetinden sonra bölge MÖ 1200'lerde Deniz Kavimleri istilasının ardından Friglerin kontrolüne geçti. MÖ 7. yüzyıl başlarında Kimmerlerin saldırısına uğradı. MÖ 6. yüzyılda Lidya Krallığına bağlandı. Müteakiben Persler, MÖ 4. yüzyılda Makedonyalılar bölgeye hakim oldu.
MÖ 3. yüzyılın başlarında güney kesimi kısa süre Kapadokya Krallığının hakimiyetinde kaldı. Anadolu'yu istila eden göçebe Kelt kabilelerinden Galatlar bölgeye yerleşti. Tavium (Büyüknefes Köyü) Galatların üç başkentinden biri olarak önem kazandı.
Roma ve Bizans dönemi
MÖ 85 yılından itibaren Roma İmparatorluğu topraklarına dahil edilen Yozgat, MS 395'te Bizans hakimiyetine girdi. Bu dönem 1075 yılına kadar sürdü.
Türk Hakimiyeti
1071 Malazgirt Zaferi'nden sonra Anadolu'ya Türk akını başladı. Yozgat 12. yüzyıldan itibaren Türk egemenliğine girdi. Bir ara Danişmendoğulları'nın nüfuzuna giren bölge 1175'ten sonra Anadolu Selçuklularının eline geçti.
1243 Kösedağ Savaşı'ndan sonra İlhanlıların kontrolüne girdi. Anadolu Selçuklu Beylikleri döneminde Eretna Beyliği, 1381'den sonra Kadı Burhaneddin Devleti'nin hakimiyetine geçti.
1398'de Kadı Burhaneddin öldürülünce Yıldırım Beyazıt bölgeyi Osmanlı Devleti sınırlarına kattı. Timur Han 1402-1403 yıllarında Yozgat ve çevresini ele geçirdi.
Timur'un Anadolu'dan ayrılmasından sonra Osmanlı şehzadeleri arasında saltanat kavgaları yaşandı. Bölge 1408'de Çelebi Mehmet döneminde yeniden Osmanlı'ya bağlandı. 1413'te kesin olarak hakimiyet sağlandı.
Yavuz Sultan Selim döneminde Celal adında Türkmen önderinin çıkardığı isyan bastırıldı. Kanuni Sultan Süleyman döneminde 1526 yılında arazi tahriri sırasında karışıklıklar çıktı ancak kısa sürede kontrol sağlandı.
Çapanoğulları Dönemi
17. yüzyılın sonlarında devlet tarafından Bozok'a yerleştirilen Mamalu Türkmen oymaklarından Çapanoğulları büyük güç kazandı. 1768'de mütesellim olan Mustafa Bey merkezi yönetimle iyi ilişkiler kurdu. Savaşlarda devlete asker ve malzeme yardımında bulundu.
Çapanoğulları 1772'den sonra Yozgat ve yöresinde söz sahibi olmaya başladı. Caniklioğullarına karşı sürdürülen mücadeleden başarıyla çıktılar. Mustafa Bey 1782'de hizmetçileri tarafından öldürülünce Süleyman Bey mütesellim oldu.
Çapanoğulları'nın bölgeye yerleşmesinden sonra yürütülen imar faaliyeti ve kurulan vakıflar sayesinde şehir niteliği kazanıldı. Yozgat sancağın ve bölgenin ekonomik, sosyal ve kültürel merkezi haline geldi. Anadolu'da Osmanlı döneminde doğrudan Türkler tarafından kurulan ve geliştirilen şehir niteliği taşıyor.
Cumhuriyet Dönemi
Yozgat isminin verilmesi hakkında çeşitli rivayetler var. Bir rivayete göre şehir Saray Köyü'nden yukarıya doğru kat kat yükseldiği için önce "Yüz Kat" denmiş, zamanla Yozgat halini almış.
Birinci Büyük Millet Meclisi'nde Kütahya Mebusu Cemil Bey'in takriri ile Yozgat ismi Bozok olarak değiştirildi. 23 Haziran 1927 tarihinde Bozok Mebusu Süleyman Sırrı İçöz Bey ve arkadaşlarının takriri ile Bozok ismi tekrar Yozgat olarak değiştirildi.